Stabilito che per stress intendiamo un mutamento delle condizioni fisiologiche, dovute alle cattive condizioni in cui i cavalli si trovano a vivere, il trasporto cavalli tramite van o trailer causa negli animali una alterazione dei sistemi di adattamento all'ambiente che comporta mutamenti nei parametri fisiologici, comportamentali, immunologici e biochimici.
Lo stress più diffuso è quello di tipo ambientale, dato che i i trailer o i van con i quali si effettua il trasporto cavalli sono molto spesso inadeguati, e anche chi se ne occupa non ha sufficienti conoscenze al riguardo. Spesso gli spazi a disposizione dei cavalli non sono adeguati né alla lunghezza del trasporto stesso, né alle condizioni fisiche specifiche dei cavalli trasportati. Per non parlare dei cavalli dal carattere nervoso, che, messi a contatto con altri cavalli, possono dar luogo a spiacevoli incidenti durante il percorso. Se si tratta di un trasporto cavalli particolarmente lungo, i cavalli dovrebbero essere messi in una specie di box abbastanza grande da permettere loro di avere un minimo di libertà di movimento.

Una cosa da fare assolutamente è di pulire la lettiera del van (che deve essere messa su un fondo antisdrucciolo) ad ogni trasporto cavalli. In questo modo si evita la formazione di gas a causa della fermentazione della lettiera che a sua volta può causare seri danni polmonari ai cavalli. Cibo e, soprattutto, acqua devono sempre essere a disposizione dei cavalli; e le rampe di carico non devono essere troppo ripide per evitare rischi inutili.
In questo modo si ottiene un trasporto cavalli ottimale (col trailer o col van è lo stesso), tale cioè da ridurre al minimo le negatività che altrimenti potrebbero presentarsi. Raramente si arriva alla perdita di valore di un cavallo che, a causa delle sue turbe comportamentali, non può più essere trasportato. Spesso invece il trasporto cavalli si rivela pericoloso perchè viene meno la sicurezza di guida a causa delle bizze del cavallo.

Un altro aspetto molto importante è lo stress termico, causato dalla temperatura del mezzo durante il trasporto cavalli. La giusta temperatura dovrebbe oscillare in un range tra 15 e 24 gradi.
Se la temperatura scende sotto i 10 gradi succede che il consumo energetico necessario a mantenere l'omotermia aumenta fino a un 15-20%, e se la temperatura scende anche più in basso e siamo in presenza di un alto tasso di umidità, allora il consumo energetico dei cavalli in queste situazioni può crescere anche dell'80%. I cavalli giovani soffrono più di quelli anziani questa condizione ambientale. Per ovviare al problema la cosa più semplice è quella di predisporre una dieta studiata su misura per il trasporto cavalli, così da mantenere la temperatura corporea durante il trasporto e garantire la possibilità di ottenere delle buone performances sportive all'arrivo.
Invece quando la temperatura sale oltre i 25 gradi, aumenta la sudorazione e con essa la frequenza respiratoria e cardiaca, e compaiono difficoltà di tipo comportamentale. Ovvio che in casi di trasporto cavalli che presentano queste condizioni ambientali occorre garantire ai cavalli di abbeverarsi frequentemente.

Assolutamente da sconsigliare mettere insieme in un trasporto cavalli di lunga durata animali provenienti da ambienti diversi, perchè lo stress che colpisce i cavalli nel trasporto ha ricadute anche a livello immunologico e risulterebbe facilitata la trasmissione di malattie da uno all'altro. Molto importante al riguardo pulire e disinfettare accuratamente i trailer e i van tra un trasporto cavalli e l'altro.
Lo stress comportamentale che spesso si verifica è dovuto anche al fatto che i cavalli si ritrovano a contatto con simili sconosciuti, per cui tendono ad aumentare la loro aggressività per difendere la loro posizione nella nuova sfera sociale in cui si trovano, soprattutto se si tratta di cavalli sportivi.
Ultima ragione di stress indotta dal trasporto cavalli è la guida disattenta, o la scelta sbagliata del percorso, quando si scelga di percorrere strade strette e tortuose piuttosto che dritte e larghe.